债券由公司哪个部门负责

根据《公司法》第163条规定，股份有限公司和有限责任公司发行公司债券， 由董事会制订方案，股东会作出决议。国有独资公司发行公司债券，应由国家授权投资的机构或者国家授权的部门作出决定。

因此，对于一般的股份有限公司和有限责任公司，发行债券的决策过程首先是董事会制订方案，然后由股东会进行决议。而对于国有独资公司，则是由国家授权投资的机构或者国家授权的部门来作出决定。

此外，发行债券需要报请国务院证券管理部门批准。根据《公司法》第163条第3款的规定，决议或决定作出后，公司应当向国务院证券管理部门报请批准。

综上所述，公司债券的发行由公司内部的董事会制订方案，股东会作出决议，并需要报请国务院证券管理部门批准。对于国有独资公司，则由国家授权投资的机构或者国家授权的部门作出决定。